Le principal inconvénient d'un CMS open source — WordPress, Joomla, Drupal, PrestaShop — est que sa popularité et son code public en font une cible privilégiée : les failles sont connues de tous dès leur publication, et la multiplication des extensions tierces élargit la surface d'attaque. Ces risques ne sont pas une fatalité : une maintenance rigoureuse les neutralise presque entièrement.
Les limites les plus souvent citées, et leur parade :
À l'inverse, l'open source offre l'absence de licence, une large communauté et l'indépendance vis-à-vis d'un éditeur unique. Bien maintenu, il est aussi fiable qu'une solution propriétaire. C'est précisément l'objet d'un contrat de maintenance de site web.