Pour modifier la configuration apache sur PLESK sur un site la méthde est la suivante:

créer le fichier vhost.conf à l'endroit:
/var/www/vhosts/mondomaine.com/conf/vhost.conf

mettre dedans la configuration attendue:
(exemple ici pour openabsedir)
php_admin_value open_basedir "/var/www/vhosts/mondomaine.com/httpdocs/:/tmp/:/var/www/vhosts/mondomaine.com/httpdocs/cache/"


puis faire:
/usr/local/psa/admin/sbin/httpdmng --reconfigure-domain mondomaine.com
puis:
restart apache